Messenger është kritikuar për shkak të mospërdorimit të teknologjisë “end-to-end encryption” siç përdor WhatsApp, një tjetër aplikacion në pronësi të Facebook, duke rrezikuar kështu materialet që shpërndahen në këtë platformë.

Vonesa e përdorimit të “end-to-end encryption” krijon mundësinë që askush, madje as Facebook, nuk do të ishte në gjendje për të lexuar mesazhet mes dërguesit dhe marrësit.

Eksperti i sigurisë kibernetike Zak Doffman është shprehur për Forbes: Përdoruesit e Messenger që lexojnë këtë lajm, duhet të kalojnë bisedat e tyre private në WhatsApp (ose Signal) dhe të mos e përdorin Messenger për biseda të përditshme dhe me fëmijët.